Политиката сериозно навлезе и во највисоката научна установа – академиците се спротивставија за актуелните прашања што во моментот се теми на разногласие, но и големи поделби во Македонија токму на 50-тото годишно собрание на МАНУ.
„Ракавицата ја фрли“ академикот Митко Манџуков, според кого, платформата на албанските партии е опасност за иднината и карактерот на земјата:
„Сегашниот обид за двојазичност во цела Македонија води кон поништување на претежниот христијански и православен карактер на нашиот народ и кон исламизација и албанизација на нашата татковина. Двојазичноста значи дека во краиштата населени со етнички Македонци да се преселат преведувачи, а потоа да почне и вистинската колонизација“.
Дел од останатите академици не го сокрија своето незадоволство од тонот на неговиот настап, како и од, како што рекоа, обидот за политизација на работата на МАНУ. Реагираше академик Алајдин Абази:
„Нема многу да се занимавам со говорот на академик Маџунков, се познаваме долго, но јас не сум го знаел доволно по денешниот настап“.
Академик Катица Ќулафкова со став:
„Последното што сега и треба на МАНУ е да застанува на страна на манипулираните патриотски платформи на ВМРО која стои зад дво неделените протести на македонската популација во земјава, која и ја создаде платформата на албанските партии токму за да се задржи власта од крајно длабоки и властољубиви желби и да се амнестира направениот злостор кој не е само финансиски“.
Академик Иван Катарџиев рече:
„Јас би се откажал од оваа дебата, не затоа што немам свое мислење и предлагам тоа да не биде дел од дебата, а да се вратиме на предметот на работа на ова Собрание“.
Во изминатите години имаше случаи кога МАНУ, поради своите ставови, беше во центарот на јавноста – како со идејата за размена на територии во конфликтната 2001-та, или пак содржината на „Македонската енциклопедија“ која беше оценета како проблематична.