Погребната процесија започна во 11 часот и 55 минути, кога посмртните останки на претседателот беа изнесени од Собранието и беа поставени на лафет, при што беа истрелани 12 артилериски плотуни. Во последната почесна стража пред одарот што ја оддадоа највисоките претставници на трите власти во Македонија, семејството, граѓаните и политичарите формираа поворка, што се упати кон Алејата на великаните, последното пребивалиште на загинатиот македонскиот претседател. На погребот присуствуваа 70-тина делегации на странски држави и меѓународни организации, од кои 15-тина држави беа застапени со претседатели, а од 10-тина допатуваа премиерите.
Прв од претседателот Трајковски на гробиштата се прости лидерот на ВМРО-ДПМНЕ, Никола Груевски. “Секогаш беше многу динамичен, енегичен, чесен во намерите и отворен човек. Никогаш не се штедеше ниту себе ниту соработниците, кога беше во прашање напредокот, развојот на Македонија, подобрата иднина, барањето излез од секоја кризна ситуација“, рече меѓу другото во својот проштален говор лидерот на ВМРО-ДПМНЕ.
Претседателот на Европската комисија, Романо Проди, простувајќи се од Трајковски го пренесе сочуството на меѓународната заедница. “Сите ние што дојдовме да му оддадеме почит на споменот на Борис Трајковски, сочуствуваме со болката на неговото семејство, неговата драга сопруга Вилма и неговите деца Стефан и Сара, со сите блиски пријатели како и со болката на сите Македонци. Сепак би извршиле предавство на работата и на пожртвуваноста на еден живот доколку се ограничиме само на изразувањето болка за загубата која навистина е огромна. Оддавањето почит на споменот на Борис Трајковски, значи да се продолжи битката за реализација на целите во кои Борис веруваше и да се заврши проектот што тој го започна. Денешната комеморација на Борис Трајковски повикува на размислување за иднината на македонскиот народ кој му беше многу драг, кој беше во неговото срце и кому неговото срце целосно му припаѓаше“, рече господинот Проди.
Премиерот Бранко Црвенковски простувајќи се од претседателот Трајковски во својот говор рече: “Честопати пловеше спротивно на ветерот, недоразбран, обвинуван, без доволно поддршка. Во 2001-та ти беше најзаслужниот што не ни се случи катастрофа. Стоички ги издржа сите критики, те обвинуваа дека си предавник, а ти го направи најпратиотското нешто. Те обвинуваа дека си плашливец, а ти го направи најхраброто нешто. Ти повеќе од било кој друг ја запре војната и го врати мирот. Во времето на лудило, ти внесе разум. На омразата и се спротивстави со своите беседи за љубов, простување и меѓусебно разбирање. И сето тоа го правеше во својот препознатлив стил – искрено, е дноставно, од срце, без било какви калкулации. Во една прилика ми рече “По 10 години сите ќе се уверат дека сум бил во право. Борисе не беа потребни 10 години. Веќе денес Македонија ти го оддава своето признание.
Пригоден говор имаше и бискупот од Методистичко – евагелистичката црква за Југоисточна Европа, чиј верник беше претседателот Трајковски.
По завршување на говорите и религиозниот дел осум старешнини на АРМ го подготвија ковчегот за погребување, а аѓутантот на претседателот на сопругата Вилма и го предаде знамето на Република Македонија и одликувањата на претседателот Трајковски.
Стиховите од Библијата, од евангелието по Матеј, “Блажени се тие што градат мир зашто ќе станат синови божји“, кои му биле омилени на претседателот Борис Трајковски , се испишани на надгробната плоча по желба на неговото семејство.