Ставот на МАНУ, објавен во Македонската енциклопедија, дека Албанците насилно се населиле во Македонија во XVI-от век, како и оној дека УЧК во Македонија за време на конфликтот во 2001-ва година била подржана од владите на САД и Велика Британија, ја затресе домашната политичка сцена, но и односите на Скопје со Лондон и Вашингтон.
Овие ставови објавени во енциклопедијата што неодамна беше промовирана во Академијата (меѓу другите и од премиерот Никола Груевски), наиде на остри реакции од етнички-албанскиот политички блок. Лутите политички ривали ДУИ, ДПА и Нова демократија се обединија по прашањето и заеднички го подржаа протестот што пред МАНУ го организираше невладината организација „Разбуди се“.
„Сметаме дека првата енциклопедија на Македонската академија го загрозува уставниот мултиетнички карактер на Македонија, поттикнува меѓуетничка омраза, ја фалсификува историјата на албанскиот народ, ги присвојува најсветлите фигури на албанскиот народ како што е Мајка Тереза, ги навредува тешко чувствата на секој Албанец, им нанесува штета на нашите американски и британски пријатели, како и со целиот цивилизиран свет“, рече Ардиан Лимани од „Разбуди се“.
ДУИ, која е дел од владејачката коалиција, побара енциклопедијата веднаш да биде повлечена. „Енциклопедијата е навреда за европските вредности и како таква заслужува најостра осуда од Европа“, смета Ермира Мехмети од оваа партија. ДУИ се најде под жесток притисок на јавноста да ја напушти владејачката колација. Лидерот на ДУИ Али Ахмети засега не одговара на ваквото барање и, како што рече, очекува извинување од МАНУ.
Лидерот на ДПА Мендух Тачи побара Албанците да се организираат и да формираат албанска академија во Македонија.
Академик Гане Тодоровски, како член на редакцијата на енциклопедијата не ја исклучи можноста за нејзино повлекување, но, како што наведе, тоа би било последното средство.
Авторот на делот во енциклопедијата што ги предизвика реакциите, Ѓорги Малковски, во врска со случувањата изјави:
„Јас сум изненаден од таквата жестока реакција од страна на албанските политичари, зашто во конкретен случај станува збор исклучиво за реакција на албански политичари и истакнати политички личности од албанското живеење. За да се зборува за било каков аргумент, за било каков настан, посебно врзан за историјата, треба да се зборува со документи. Целата историја е врзана исклучиво само со документи“.
Во врска со барањата на етнички-албанските политички субјекти за повлекување на енциклопедијата, Владата останува на ставот дека компетентноста и одговорноста околу содржината на енциклопедијата е во научните кругови на МАНУ. „Владата ниту имала можност да врши увид во содржината, ниту било побарано од неа тоа да го направи“, изјави владин портпарол.
Со остри деманти во јавноста на тврдењета во енциклопедијата дека УЧК во 2001-ва година за време на вооружениот кофликт во Македонија била поддржана од владите на САД и Велика Британија истапија амбасадите на овие две држави.